Newton tiene ya mucho tiempo de ser el prototipo de hombre de ciencia moderno, especialmente entre astrónomos, físicos historiadores y filósofos. es uno de los científicos de mayor éxito y prestigio en toda la historia registrada, por lo que no parece ocioso examinar su obra en busca de sus ideas sobre el método que siguió en sus trabajos científicos.
Newton formuló el teorema del famoso binomio, inventó el "método de las fluxiones", o sea el cálculo construyó el primer telescopio reflejante y concibió la naturaleza universal de la atracción gravitacional.
Las ideas de newton sobre el método científico deben su expresión a Descartes y a sus seguidores, se oponía al método cartesiano, Newton insistió en que las generalizaciones del científico deberían basarse en el examen cuidadoso de la realidad. Newton era un aristotélico confirmado y se refirió a sus procedimientos inductivo-deductivos como el "método de análisis y síntesis". La más aguda y explícita opinión de Newton sobre su método científico es la famosa "pregunta 31" de su libro Opticks, que dice lo siguiente:
"tanto en las matemáticas como en la filosofía natural, la investigación de los problemas difíciles por medio del análisis debe ir precedida siempre por el método de la composición. El análisis consiste en hacer experimentos y observaciones t en derivar a partir de ellos conclusiones generales por inducción, rechazando todas las objeciones excepto las basadas en experimentos y otras formas de conocimiento seguro. Por que las hipótesis no deben tomarse en cuenta en la filosofía experimental. Y aunque la argumentación por inducción, a partir de experimentos y observaciones, no alcance la demostración de las conclusiones generales, sigue siendo el argumento mas compatible con la naturaleza de las cosas y puede contemplarse como el más fuerte, en la medida en que la inducción sea mas generalizada y si no ocurren excepciones en los fenómenos, la conclusión puede aceptarse como general pero si en cualquier momento posterior ocurre alguna excepción en los experimentos, entonces debe enunciarse incluyendo las excepciones conocidas.
Newton esta usando los términos análisis y síntesis en un sentido casi exactamente opuesto al que hoy les damos, lo que puede generar cierta confusión, sobre todo cuando su postura filosófica se compara con la de su contemporáneo Robert Hooke, que usa los mismos términos pero de acuerdo con lo que se acepta hoy. Otras palabras que también han adoptado un sentido distinto, aparte de análisis y síntesis, son ciencia, arte, experimento, entusiasmo, creación, genio, y muchas otras. De acuerdo con Medawar:
En el vocabulario profesional moderno una hipótesis es una preconcepción imaginativa de lo que podría ser cierto, en forma de una declaración con consecuencias deductivas verificables. Las hipótesis han dejado de implicar un carácter fantástico como lo eran en los tiempos de Newton, lo anterior es relevante por que cuando se compara el método científico que Newton propone como correcto, con la manera como realmente realizo sus investigaciones y la forma y aplicación teórica de sus resultados y generalizaciones o leyes, lo que surge es una fenomenal incongruencia, su primera ley se refiere al comportamiento de cuerpos que Newton seguramente nunca había observado, la ley de reflexión óptica que incluye el concepto de rayo luz, algo mucho mas conceptual que objetivo, basaba una parte importante de sus trabajos en la teoría atómica de la materia, que en sus tiempos no era mas que una hipótesis.
En la tercera deducción de su libro "Principia mathematica" Newton incluyo cuatro famosas reglas:
1.- no debemos admitir mas causas de cosas naturales que las que son verdaderas y suficientes para explicar sus apariencias
2.- por lo tanto a los mismos efectos naturales debemos asignarles hasta donde sea posible, las mismas causas
3.- aquellas propiedades de los cuerpos que no puedan aumentarse o disminuirse gradualmente y que existan en todos los cuerpos que podamos examinar serán consideradas como propiedades universales de totalidad de los cuerpos
4.- En la filosofía experimental debemos aceptar las proposiciones derivadas por inducción general de los fenómenos como exactas o muy probablemente ciertas, a pesar de las hipótesis contrarias que pudieran imaginarse, hasta el tiempo en que ocurran otros fenómenos, con los que puedan hacerse mas exactas o aceptar excepciones.
La primera es una versión muy personal de Newton en la que no explica lo que entiende por causa verdadera, que es que en igualdad de condiciones la mejor explicación es la mas simple, la 2 no ofrece tantos problemas pero en la 3 señalo que las propiedades de los cuerpos a que hace referencia incluyen extensión, dureza, impenetrabilidad, movilidad e inercia, que según el son las propiedades comunes a absolutamente todos los cuerpos que existen en la naturaleza, así como todas y cada una de sus partes. En cambio la regla 4 es el manifiesto de los inductivistas, aunque Newton estaba realmente mas preocupado en refutar la proposición de Descartes, en derivar las leyes científicas de principios metafísicos indudables que en reafirmar su propia postura aristotélica, que le parecía segura y bien fundada.